Работой Санкт-Петербургского Парусного Союза руководит Президиум, возглавляемый Президентом. Заседания президиума проходят не реже одного раза в 2 месяца. Президиум организует выполнение решений общей конференции, создает комитеты и комиссии по основным направлениям своей деятельности, избирает из числа своих членов трех вице-президентов Союза, утверждает сметы расходов и доходов Союза.
